Ingresa en el Balmaseda en la temporada 60-61 en el conjunto juvenil que dirige Fausto Robledo. Al año siguiente, se corona campeón del grupo encartado de juveniles.

La temporada que completa no pasa inadvertida para los técnicos del Athletic y recala en el juvenil rojiblanco para la próxima campaña. En el conjunto rojiblanco repite el alirón a mayor escala, derrotando al Real Madrid por 2-0 en el Camp Nou de Barcelona.

En la temporada 63-64, de nuevo campeón de España al derrotar al Real Madrid por 2-1.

Continua su progresión y es seleccionado por Bizkaia, llegando a disputar la final contra Catalunya en el desaparecido estadio Metropolitano del Atletico de Madrid, vencen los catalanes por 2-1. Al finalizar la temporada 63-64 es nombrado por la emisora "Radio Juventud" segundo mejor jugador de la plantilla rojiblanca por detrás de Anton Arieta a tan sólo un punto de diferencia.

Mediada la temporada 65-66, recala en el Barakaldo de Tercera División, donde coincide con el ex-madridista "Eguskiza" y el ex-ovetense "Peri".

En la temporada 66-67 la desgracia llega de manera brusca y a resultas de un accidente sufre unas quemaduras en una pierna bastante graves que le separan del balón durante un largo período. El presidente del Balmaseda, Tomás Negro se vuelca con Juanjo y logra su retorno al club que le vio nacer para la temporada 67-68, demuestra su recuperación y logra dos campeonatos de Preferente y una Copa de Bizkaia, en las temporadas 68-69 y 69-70, ésta la del "doblete". En el 68-69 forma parte de la defensa menos goleada de la Preferente.

Se retira del futbol en 1976, pero no abandona el futbol, ahora se adentra en el mundo de los banquillos.

Debido a una operación quirúrgica se ve apartado del futbol. El día 24 de agosto de 1990, La Baluga se llena a reventar para homenajear a Juanjo. Athletic y Burgos se ofrecen desinteresadamente a la causa.